Une fois les axes de sélection définis, souvenons nous que les caractères qualitatifs (type de pigment, texture de la robe...) sont plus rapides et plus faciles à fixer que les caractères quantitatifs (morphologie, performances...) car ils sont gérés par un nombre restreint de gènes.

Quand la corrélation entre le phénotype et le génotype est bonne, on peut espérer un progrès rapide.

L'appariement de deux sujets génétiquement éloignés peut, par chance, donner des produits de haut niveau qui seront alors de bons compétiteurs mais généralement pas de bons géniteurs (fort taux d'hétérozygotie).

En revanche, la consanguinité ne permet pas d'espérer la naissance de sujets exceptionnels mais favorise la fixation des caractères en augmentant l'homozygotie.

Il est donc intéressant, lorsque l'on veut introduire un nouveau courant de sang dans une lignée de faire appel à un étalon "raceur", ou s'il est indisponible, à un de ses frères même si ce dernier extériorise quelques défauts minimes ou montre une carrière plus modeste.

La meilleure pratique d'élevage consiste donc à élever parallèlement plusieurs lignées consanguines satisfaisantes en faisant appel de temps à autres à des croisements entre lignées ("line-breeding") immédiatement suivis de consanguinité si les résultats méritent d'être fixés.

Certains éleveurs, espérant obtenir à long terme des sujets présentant toutes les qualités, sélectionnent en priorité sur des critères inversement proportionnels à leur héritabilité, c'est à dire d'abord sur la prolificité, puis sur la robustesse et enfin sur la morphologie. En effet, si les qualités de reproduction (hormis l'aptitude laitière) apparaissent encore moins héritables que les qualités de travail (déterminisme très polygénique), certains caractères morphologiques comme les défauts d'aplomb congénitaux semblent, quant à eux, très héréditaires.

Un gène dominant s'exprime quel que soit l'allèle exprimé par le locus homologue. Ainsi, il ne peut plus exister de porteurs sains et il devient facile de lutter contre l'extension de la maladie par la simple exclusion des malades. Cependant ,certaines maladies comme l'atrophie rétinienne progressive peuvent s'exprimer tardivement et même parfois après la mise à la reproduction expliquant la persistance de la maladie.

D'autres comme les anomalies liées au gène merle (surdité notamment) peuvent ne pas s'exprimer chez des individus résistants qui transmettent alors l'affection comme pour un gène récessif.

Enfin, la plupart ne s'expriment pas du tout lorsque la présence de l'allèle dominant est létale et entraîne donc la mort du chiot atteint.

Etant liées à un gène récessif, ces maladies ne se manifestent que si le gène est présent en deux exemplaires. Les individus hétérozygotes n'expriment donc pas la maladie mais peuvent la transmettre. Ils sont appelés "porteurs sains".

A titre d'exemple, étudions la transmission de l'anomalie oculaire du COLLEY. Appelons "m" l'allèle récessif responsable de la maladie et "S", l'allèle dominant chez l'individu sain.

Un chien m/m est donc malade, m/S porteur sain et S/S phénotypiquement et génétiquement sain. Les résultats prévisibles des accouplements sont résumés dans ce tableau.

Suivant la fréquence d'apparition de la maladie dans la population, il est donc facile de suspecter la participation d'un gène récessif.

risque de tomber sur un porteur sain lors du choix d'un reproducteur dépend naturellement de la fréquence de la maladie comme le montre le tableau suivant.

Ainsi, lorsque l'on décèle 1% de malades au sein d'une population, un individu sur 5 est porteur de la tare. A 10% de malades, près d'un individu sain sur deux est porteur !

Les mesures de prévention passent par la connaissance approfondie de la généalogie du candidat à la reproduction. L'idéal serait bien sûr de ne compter aucun descendant taré après accouplement avec un reproducteur malade (m/m), ce qui limiterait les risques de "pollution" génétique d'un élevage à l'éventualité d'une mutation.

Les mesures d'élimination seraient fastidieuses et très lentes.

En effet, lors de tare récessive, la population de l'élevage serait répartie comme suit

(avec p+q1):

p2 (tarés) + 2 pq (porteurs) + q2 (sains)

Si l'on observe seulement 1% de sujets tarés, c'est que p = 0,1 donc q = 0,9 et 2 pq = 0,18 = 18% de tarés potentiels. Par consanguinité, on peut espérer éliminer les repérés soit seulement 1% par génération ! Pour éliminer une maladie génétique récessive, il est donc souhaitable d'abandonner la pratique de la consanguinité. Même si elle permet son dépistage, on ne peut être à la fois incendiaire et pompier!

Exemple de transmission aléatoire de deux caractères au cours de la genèse des spermatozoïdes (méiose)

Nous avons vu qu'il existait des caractères dominants et des caractères récessifs. Pour reprendre l'exemple précédent concernant la couleur de la robe, le Noir (B) domine le marron (b). Lorsque l'on voit un chien marron, il est facile de deviner son génotype qui ne peut être que b/b puisque le caractère récessif marron ne peut s'exprimer qu'à l'état homozygote. Dans le cas des caractères récessifs, le phénotype est donc un bon reflet du génotype. En revanche, le phénotype "noir" peut correspondre soit au génotype B/b (hétérozygote), soit au génotype B/B (homozygote), les gènes ayant toujours au moins deux possibilités de s'exprimer.

- dans le premier cas, le chien est noir mais porteur d'un allèle marron qu'il pourra transmettre à sa descendance.

- dans le deuxième cas, le chien homozygote transmettra obligatoirement un de ses deux allèles B à sa descendance qui sera donc uniformément noire en première génération (appelée F1) quels que soient les allèles apportés par son partenaire.

L'aspect d'un chien ne reflète donc pas isolément son patrimoine génétique.

Le principe même de la confirmation qui donne au candidat l'autorisation officielle de reproduire en évaluant son génotype en fonction de son phénotype, est donc sujet à controverse.

Il est cependant possible de se faire une idée du génotype d'un étalon par son aptitude à marquer sa descendance pour le caractère considéré.

En effet, si un chien ne compte que des chiots noirs parmi sa descendance lorsqu'il est accouplé avec une chienne marron (donc obligatoirement b/b), il devient très probable qu'il soit homozygote B/B. Dans ce cas, tous les produits sont B/b, donc noirs.

S'il était B/b, il aurait 50% de chances de donner naissance à des chiots marrons à l'issue de ce même accouplement et il serait donc exceptionnel de ne pas en trouver parmi sa descendance. L'effectif de la portée permet donc également de renforcer l'estimation génétique d'un reproducteur.

Une portée d'un ou deux chiots reste évidemment peu significative.

On comprend dès lors que si l'éleveur désire fixer un caractère qu'il juge positif pour son élevage, il devra rechercher des reproducteurs qui présentent tous deux, non seulement ce caractère mais aussi un lien de parenté (consanguinité) de manière à augmenter les chances d'homozygotie, c'est-à-dire l'uniformité des ordres édictés par les gènes parentaux.

A titre d'exemple, si un éleveur désire fixer le caractère marron, il n'aura qu'à accoupler des reproducteurs marrons.

S'il considère la robe marron comme un défaut, il lui faudra alors sélectionner des reproducteurs noirs qui, en outre, ne comptent aucun chien marron parmi leur généalogie.

On devrait donc se réserver la possibilité d'annuler une confirmation au cas où un défaut héréditaire apparaîtrait dans la descendance d'un reproducteur ...

Support génétique des caractères :

Représentation schématique d’une cellule de chien (avant division) :

 Un gène représente une unité de programme située à un endroit précis ("locus") d'un chromosome. Si le gène était une note de musique, le chromosome serait son support matériel, c'est à dire la partition. (voir schéma) Toutes les cellules d'un chien contiennent dans leur noyau 39 paires de chromosomes, sauf les cellules qui n'ont pas de noyau (globules rouges par exemple chez le chien) et les cellules sexuelles (spermatozoïdes et ovules) qui ne possèdent les 39 chromosomes qu'en un seul exemplaire. L'ensemble des chromosomes portant les gènes constitue ainsi le patrimoine génétique ou génome de l'individu, c'est à dire le programme qui inspirera sa morphologie et son comportement.

Si les chromosomes sont représentés en double exemplaire, c'est parce qu'ils sont hérités pour moitié du père et pour moitié de la mère. Pour chaque locus, un gène a donc la possibilité de s'exprimer deux fois par la voix du père et par celle de la mère (on parle alors d'allèle).

Il arrive que ces deux voix soient identiques et donnent donc le même ordre : l'individu sera alors dit "homozygote" pour le caractère considéré. A titre d'exemple le gène "b" (pour "brown") codera pour une robe marron chez le chiot s'il est présent simultanément sur les deux chromosomes parentaux. Le chiot sera dit "homozygote b/b".

Inversement, si le chromosome hérité du père porte le gène "B" (pour Black) et celui de la mère le gène "b", le chiot est dit "hétérozygote" B/b et l'on constate que sa robe est aussi noire que celle de son père. C'est donc que le gène "B" (majuscule) est dominant par rapport au gène "b" (minuscule) qui est dit récessif.